Devido a escassez de programas de pesquisas de longa duração relacionados ao estudo da biodiversidade, em 1997 o CNPq e a comunidade cientifica brasileira  implementaram o Programa Ecológico de Longa Duração (PELD), que fomentou uma nova filosofia no desenho de estudos ecológicos de longa duração no Brasil. Baseado nesse principio, o Programa de Pesquisa em Biodiversidade foi criado em 2004 com o objetivo de articular a competência regional e nacional, para que o conhecimento da biodiversidade brasileira seja ampliado e disseminado de forma planejada e coordenada, o que está ocorrendo por meio da instalação de parcelas permanentes principalmente em UCs que permitem a realização de pesquisas ecológicas de longa duração. Esta metodologia tem permitido acomodar estudos com escalas temporais e espaciais distintas, assim contribuindo para o nosso conhecimento a respeito das respostas ecológicas e do grau de vulnerabilidade da biodiversidade frente aos efeitos de mudanças da paisagem ao longo do tempo.

Nesse contexto foram iniciadas as atividades do Programa de Pesquisas em Biodiversidade de Santa Catarina (PPBio-SC) em duas das mais representativas unidades de conservação Estado: o Parque Nacional de São Joaquim e o Parque Estadual do Acaraí. Nestas duas UCs foram instalados três módulos de parcelas permanentes para estudos de longo prazo baseado no sistema RAPELD (Rapid Assessments Program e Pesquisa Ecológica de Longa Duração) proposto por Magnusson et al. (2005), e no conceito de paisagem, considerando a heterogeneidade ambiental (Vianna, et.al., 2015). Dois módulos estão localizados no Parque Nacional de São Joaquim (PNSJ) e um no Parque Estadual do Acaraí (PAEAC).